{"id":15992,"date":"2016-04-01T00:00:00","date_gmt":"2016-03-31T22:00:00","guid":{"rendered":"http:\/\/ricom-web.com\/gestions-hospitalieres\/biobanques-hospitalieres-et-robotisation-de-la-biologie\/"},"modified":"2018-03-06T17:03:57","modified_gmt":"2018-03-06T16:03:57","slug":"biobanques-hospitalieres-et-robotisation-de-la-biologie","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.ricom-web8.com\/gestions\/biobanques-hospitalieres-et-robotisation-de-la-biologie\/","title":{"rendered":"Biobanques hospitali\u00e8res et robotisation de la biologie"},"content":{"rendered":"Temps de lecture\u00a0: <\/span> 7<\/span> minutes<\/span><\/span>

Les biobanques assurent la pr\u00e9paration (traitement pr\u00e9analytique), la conservation et la distribution des \u00e9chantillons biologiques\u2009(1)<\/sup>, ainsi que leur tra\u00e7abilit\u00e9. Elles s\u2019engagent \u00e0 conserver et \u00e0 distribuer, dans des conditions pr\u00e9d\u00e9finies, les \u00e9chantillons obtenus dans le cadre du soin ou de la recherche.<\/p>\n

L\u2019importance actuelle des biobanques est attest\u00e9e par le nombre croissant \u2013 multipli\u00e9 par dix ces dix derni\u00e8res ann\u00e9es \u2013 de publications dont le titre comprend le mot biobank<\/em> et par le nombre d\u2019initiatives nationales et internationales de cr\u00e9ation de biobanques. Plusieurs organisations internationales (OCDE, Isber) ont ainsi publi\u00e9 des guidelines<\/em>(2)<\/sup>. Au niveau europ\u00e9en, l\u2019organisation BBMRI\u2009(3)<\/sup> s\u2019occupe sp\u00e9cifiquement de biobanques.<\/p>\n

Par ailleurs, le d\u00e9veloppement de la m\u00e9decine des 4P (person\u00adnalis\u00e9e, pr\u00e9dictive, pr\u00e9emptive et participative) ou de pr\u00e9cision \u2013 Initiative Obama\u2009(4)<\/sup> \u2013 implique la collection d\u2019un grand nombre d\u2019\u00e9chantillons, soit en population, soit \u00e0 l\u2019h\u00f4pital. L\u2019Initiative Obama pr\u00e9voit ainsi de recruter 1\u00a0million de volontaires dont les \u00e9chantillons biologiques seront associ\u00e9s \u00e0 des informations cliniques. La collecte des 300\u2009000 premiers \u00e9chantillons a d\u00e9j\u00e0 \u00e9t\u00e9 financ\u00e9e et un coordinateur vient d\u2019\u00eatre nomm\u00e9. De nombreuses autres initiatives sont en cours (Islande, Royaume-Uni, Chine, Graz, BioVU, Mayo Clinic, Harvard, etc.).<\/p>\n

Il est donc capital que les h\u00f4pitaux fran\u00e7ais se dotent de biobanques modernes et efficaces, associ\u00e9es aux donn\u00e9es cliniques.<\/p>\n

Il existe diff\u00e9rents types de biobanques, dont les utilisations sont vari\u00e9es\u2009(5)\u2009<\/sup>:<\/p>\n

    \n
  • les banques sp\u00e9cifiques<\/strong> \u00e0 des projets de recherche pr\u00e9cis et\/ou \u00e0 des ph\u00e9notypes particuliers (maladies g\u00e9n\u00e9tiques, maladies chroniques, expositions\u2026)\u2009;<\/li>\n
  • les banques g\u00e9n\u00e9rales en population<\/strong>, dont les participants sont g\u00e9n\u00e9ralement s\u00e9lectionn\u00e9s sur une base g\u00e9ographique\u2009(6)<\/sup>\u2009: elles sont destin\u00e9es \u00e0 des \u00e9tudes aupr\u00e8s de larges populations qui ne comprennent pas que des patients\u2009;<\/li>\n
  • les biobanques hospitali\u00e8res<\/strong>\u2009: elles peuvent \u00eatre destin\u00e9es \u00e0 collecter des \u00e9tudes sp\u00e9cifiques, industrielles ou institutionnelles, mais elles peuvent s\u2019\u00e9largir \u00e0 une collecte syst\u00e9matique, comme \u00e0 l\u2019universit\u00e9 Vanderbilt(7)<\/sup> ou \u00e0 la Mayo Clinic. Ces biobanques peuvent \u00eatre associ\u00e9es en r\u00e9seau, comme eMerge\u2009(8)<\/sup>. L\u2019int\u00e9r\u00eat de ces biobanques est qu\u2019elles sont associ\u00e9es aux donn\u00e9es des patients, en particulier quand un dossier m\u00e9dical patient (DMP) informatis\u00e9 (electronic medical record<\/em> – E(M)HR) est disponible. L\u2019entrep\u00f4t des donn\u00e9es (clinical data warehouse<\/em> – CDW) est r\u00e9alis\u00e9 le plus souvent avec le logiciel i2b2. Ces biobanques ont \u00e9t\u00e9 tr\u00e8s productives en termes de publications et de biomarqueurs, qui deviendront dans les ann\u00e9es \u00e0 venir un enjeu industriel important. Par exemple, gr\u00e2ce \u00e0 une collection associ\u00e9e \u00e0 un entrep\u00f4t de donn\u00e9es, BioVU vient de publier un article(9) <\/sup>qui met en \u00e9vidence des g\u00e8nes de pr\u00e9disposition \u00e0 certaines maladies (d\u00e9pression, ob\u00e9sit\u00e9, etc.) et montre que certains d\u2019entre eux proviennent de l\u2019homme de Neandertal. De plus, leur biobanque de plus de 200\u2009000 \u00e9chantillons d\u2019ADN et leur expertise leur ont permis d\u2019\u00eatre la premi\u00e8re institution financ\u00e9e pour collecter les 300\u2009000 premiers volontaires dans le cadre de l\u2019Initiative Obama. En Europe, le CHU de Lausanne d\u00e9veloppe un projet similaire \u00e0 BioVU\u2009(10)<\/sup>.<\/li>\n<\/ul>\n

    Biobanques et h\u00f4pital<\/h1>\n

    Les biobanques hospitali\u00e8res sont \u00e9tablies au sein d\u2019un \u00e9tablissement hospitalier. G\u00e9n\u00e9ralement organis\u00e9es sous forme de centres de ressources biologiques (CRB), elles associent la collection des pr\u00e9l\u00e8vements anatomopathologiques \u00e0 d\u2019autres pr\u00e9l\u00e8vements biologiques \u2013 nous n\u2019\u00e9voquerons pas ici le cas sp\u00e9cifique de l\u2019anatomopathologie.<\/p>\n

    Le financement de telles structures est multiple\u2009: autofinancement \u00e0 partir de projets de recherche ou industriels, ou financements institutionnels (enveloppes Merri, Inserm). Les collections prises en charge par les CRB peuvent concerner le soin ou la recherche. Les collections de recherche actuellement d\u00e9pos\u00e9es dans ces CRB sont recens\u00e9es par le minist\u00e8re de la Recherche.<\/p>\n

    Les biobanques doivent \u00eatre associ\u00e9es \u00e0 des donn\u00e9es cliniques afin que les \u00e9chantillons soient annot\u00e9s. L\u2019existence d\u2019un dossier patient informatis\u00e9 et, mieux encore, d\u2019un entrep\u00f4t de donn\u00e9es est donc une plus-value pour ces collections, qu\u2019elles soient r\u00e9alis\u00e9es pour une recherche sp\u00e9cifique ou dans le cadre d\u2019une biobanque syst\u00e9matique.<\/p>\n

    Ces biobanques doivent fonctionner en lien \u00e9troit avec le laboratoire de biologie m\u00e9dicale (LBM) de l\u2019h\u00f4pital, qui centralise en g\u00e9n\u00e9ral la r\u00e9ception et le traitement des \u00e9chantillons biologiques. Cela permet \u00e9galement de mutualiser toute la phase pr\u00e9analytique (centrifugation, aliquotage, \u00e9ventuellement extraction), voire de l\u2019automatiser.<\/p>\n

    La mutualisation et l\u2019automatisation du stockage sont \u00e9galement possibles. Elles impliquent une informatisation et une communication importante entre trois syst\u00e8mes d\u2019information\u2009:<\/p>\n

      \n
    • le syst\u00e8me d\u2019information m\u00e9dicale, qui contient les informations d\u00e9mographiques et les donn\u00e9es cliniques de base du patient (PMSI)\u2009;<\/li>\n
    • le syst\u00e8me de gestion du laboratoire (SGL)\u2009;<\/li>\n
    • le syst\u00e8me de gestion de la biobanque.<\/li>\n<\/ul>\n

      Le syst\u00e8me d\u2019information m\u00e9dicale doit en outre rassembler l\u2019ensemble des donn\u00e9es cliniques, biologiques et radiologiques \u2013 DMP ou E(M)HR. Pour que ces donn\u00e9es soient facilement extraites et utilisables, l\u2019utilisation d\u2019un entrep\u00f4t de donn\u00e9es (tel que i2b2, logiciel largement partag\u00e9) est indispensable. Enfin, ces entrep\u00f4ts doivent faciliter l\u2019interop\u00e9rabilit\u00e9, en particulier entre les biobanques, permettant ainsi l\u2019\u00e9change des donn\u00e9es dans les projets collaboratifs.<\/p>\n

      L\u2019utilisation de ces donn\u00e9es dans des projets de recherche n\u00e9cessite le consentement initial des patients, sa conservation, puis \u00e9ventuellement le renouvellement de son consentement pour des recherches qui n\u2019auraient pas \u00e9t\u00e9 pr\u00e9vues au d\u00e9part. Un d\u00e9partement \u00e9thique et juridique est donc indispensable pour r\u00e9gler l\u2019ensemble de ces questions. L\u2019informatisation de ces processus (consentement, consentement dynamique, site web des patients, retour d\u2019informations, etc.) facilite la r\u00e9solution de ces probl\u00e8mes.<\/p>\n

      S\u2019agissant de la diffusion des \u00e9chantillons, il est indispensable que les biobanques soient le plus ouvertes possibles dans l\u2019int\u00e9r\u00eat de la recherche, mais aussi dans le respect de la r\u00e9glementation et dans l\u2019int\u00e9r\u00eat des patients. Des chartes de gouvernance sont indispensables, en particulier pour l\u2019acc\u00e8s aux donn\u00e9es et aux \u00e9chantillons, pour leur r\u00e9utilisation (internal review board<\/em> – IRB), et pour la stratification des essais cliniques, dont le co\u00fbt peut ainsi diminuer consid\u00e9rablement\u2009(11)<\/sup>.<\/p>\n

      Enfin, leur certification selon la norme NF\u00a0S96-900 permet aux biobanques d\u2019\u00eatre conformes aux standards internationaux et de s\u2019assurer de la qualit\u00e9 de traitement des \u00e9chantillons tout au long du processus (r\u00e9ception, traitement, stockage, d\u00e9stockage, tra\u00e7abilit\u00e9).<\/p>\n

      L\u2019utilisation des donn\u00e9es dans des projets de recherche n\u00e9cessite le consentement des patients. Un d\u00e9partement \u00e9thique et juridique est donc indispensable.<\/p><\/blockquote>\n

      L\u2019Inserm, dans le cadre de l\u2019infrastructure Biobanques, a fait un effort important en direction des CRB pour la certification et l\u2019interop\u00e9rabilit\u00e9 des donn\u00e9es.<\/p>\n

      Les cong\u00e9lateurs automatis\u00e9s peuvent \u00eatre de grande capacit\u00e9 (environ 300\u2009000 \u00a0tubes)\u2009; un ou deux peuvent suffire \u00e0 la plupart des CRB. Le rangement automatis\u00e9 permet un gain de place, un temps de chargement et de d\u00e9chargement tr\u00e8s r\u00e9duit, dans des conditions de qualit\u00e9 excellente.<\/p>\n

      Un exemple de biobanque \u00e0 l\u2019HEGP<\/h1>\n

      L\u2019h\u00f4pital europ\u00e9en Georges-Pompidou (HEGP) b\u00e9n\u00e9ficie des structures et de l\u2019exp\u00e9rience n\u00e9cessaires pour mettre en place un projet original et innovant permettant de robotiser simultan\u00e9ment la biologie et la biobanque. L\u2019HEGP dispose en effet\u00a0:<\/p>\n

        \n
      • d\u2019une biologie tr\u00e8s robotis\u00e9e associ\u00e9e \u00e0 la prescription connect\u00e9e avec un accueil commun \u00e0 toutes les disciplines\u2009;<\/li>\n
      • d\u2019un CRB certifi\u00e9 (NF\u00a0S96-900) mais avec des proc\u00e9dures manuelles de pr\u00e9paration, stockage et d\u00e9stockage d\u2019\u00e9chantillons \u2013 dont la capacit\u00e9 reste donc encore faible\u2009;<\/li>\n
      • d\u2019un dossier patient informatis\u00e9 (DXC@re) depuis 2000, avec la prescription connect\u00e9e des examens de biologie\u2009;<\/li>\n
      • d\u2019un entrep\u00f4t de donn\u00e9es i2b2 gr\u00e2ce auquel a \u00e9t\u00e9 r\u00e9alis\u00e9 le premier PheWas fran\u00e7ais\u2009: d\u00e9termination des cons\u00e9quences pathologiques de variants g\u00e9n\u00e9tiques associ\u00e9s \u00e0 l\u2019administration d\u2019un m\u00e9dicament\u2009(12)<\/sup>.<\/li>\n<\/ul>\n

        En revanche, l\u2019HEGP ne dispose pas de biobanque robotis\u00e9e associ\u00e9e directement au dossier m\u00e9dical patient et \u00e0 la biologie. Il est donc possible d\u2019analyser les donn\u00e9es cliniques des patients mais pas de revenir sur des \u00e9chantillons biologiques pour d\u00e9terminer de nouveaux param\u00e8tres biologiques ou pour r\u00e9aliser des param\u00e8tres qui ne l\u2019auraient pas \u00e9t\u00e9 initialement (dosage de m\u00e9dicament par exemple).<\/p>\n

        Nous avons d\u00e9velopp\u00e9 un projet global de robotisation compl\u00e8te de la biologie et de la biobanque, toutes deux associ\u00e9es au dossier m\u00e9dical patient et \u00e0 l\u2019entrep\u00f4t de donn\u00e9es. Il m\u00eale le soin et la recherche (figure ci-dessous<\/em>).<\/p>\n